在石磨面粉设备加工时，如果操作不当会影响石磨的加工效果， 石磨面粉机械在不同的操作方式下加工出来的面粉不一样。在面粉加工时影响面粉效果的还有筛网，筛网数量多则面粉越细，筛网越少相对面粉则较粗。

       还有石磨面粉上的对辊的原因，如对辊空隙大，则加工的面粉颗粒大，香味较浓；如果对辊空隙小，加工的面粉颗粒小，且有一些营养物质在机械力的作用下和高温的作用消失了，如胡萝卜素等。石磨面粉机械在低速、低温的状态下加工出来的面粉营养价值高，缺点是效率低。

      石磨面粉机械在面粉加工设备里算是低速加工机械，粮食颗粒在低速状态下的营养物质能够得到全部保留，不会因为受热而影响面粉颗粒的结构，所以，石磨面粉机做出来的面粉好吃，保留了粮食中**原生态的营养成份与味道。
      还与加工设备的碾磨配件紧密有关，在现代方法加工面粉的时候小麦的种皮是要去掉的，去掉种皮以后，只加工麦仁，这样加工出来的面粉非常白，但是，在味道上却不如传统加工的面粉好。而面粉机在高温、高速下加工的面粉就是现代面粉，虽然效率高，但是在营养上不如石磨面粉设备加工的好。